ホセ・デ・サン・ハシントサルバネース神父は(京泊の布教のところで述べたように)1609年5月初旬、京都で布教を始めるために京都へ派遣されました。彼は「6ヶ月間神の知り給う数多の反対を受けた後に、神の御心により聖パウロ回心の日、この都にロザリオの聖母に捧げる教会を造りました……この都(京都)は戦乱の際には最も安全な町で、(当時、京都は御土居という城壁で囲まれていた)この近くにある伏見・大阪・堺という他の町よりも入ることが遥かに困難でありました。……これらの市においてはすべて私によい機会が提供されました。もし金があり修道士がいたならば、ここに来た最初の1カ月の間に教会が建てられたでしょう(1)」と述べています。サルバネース神父は京都の教会をロザリオの聖母に捧げました。その少しのち、神父は大阪市内に他の土地を得て聖ドミニコに捧げる教会を造り、そこで同じ年(1610年)7月6日に最初のミサを捧げました(2)。数年のち伏見に他の教会を造ろうとしましたが、貧しさと、すでに始まっている迫害のためにそれを建設するには至りませんでした。しかしキリシタンの集まる家を教会として使っていました(3)。
ホセ・デ・サン・ハシント神父は京都と大阪に教会を建てた後、徳川家康を駿府に、将軍・秀忠を江戸に訪ねて行って、両者から非常に歓迎されました。また、江戸においてたまたま奥州の大名・伊達政宗に会見しました。政宗は彼に好意を示し、彼あるいは同じ修道会の人々が、その時でもまた別の時でももし希望するならば、政宗の領内に教会のための土地を与えようと約束をしました(4)。しかし修道士が足りないためにその地に行く事は叶わず。都にいた修道士はそこで神の奉仕のために大きな働きをしました。
1609年にトマース・デ・スマラガ神父がマニラから帰還し、数ヶ月佐嘉の布教に従事したのち、ホセ・デ・サン・ハシント神父とともに働くために京都・大阪・伏見へ行きました。
1610年1月7日のポルトガル舟マードゥレ・デ・デウス号の悲劇(5)以来、将軍はキリシタンに対して悪感情を抱くようになりました。しかしこの有馬の事件に続いて、1612年キリシタンの間に問題が起こりました。これはオルファネール神父が彼の「歴史(ﾋｽﾄｰﾘｱ)」第6・8・9・10章の中に詳しく述べています(6)。オランダ人もまた日本のカトリックを不利に陥れるために、この事件を利用しました。それで、これらの事件に関して激怒した徳川家康は直ちに上(ｶﾐ)(京坂地方)にあるキリシタンの教会をことごとく取り毀すことを命じました。その当時、伏見のフランシスコ会の教会、都のドミニコ会の教会およびイエズス会士が都にもっているふたつの教会が残っていましたが、このことおよびその地方の情勢のために、「都や大阪に住むことができなくなり」ホセ・デ・サン・ハシント、トマース・デ・スマラガ両神父は長崎へ行くことに決めました（7）。
大阪の教会は1614年末-1615年初めの戦乱で全市が焼けたときに、これも焼失しました。都の教会は、その町の異教徒の長が教会ではないという署名をして生命をかけて守ってくれたので、その後も存続しました。
注
(1) JOSE DE S. JACINTO, Al P. Provincial, fol. 329(A. P. MSS. T. 19)
(2) ORFANEL, Historia, c. Ⅳ.; fol. 8.; ORFANEL, Relación de 1619, fol. 111v.;
JOSE DE S. JACINTO Respuesta a las preguntas, fol. 333 (A.P.T. 19. MSS);
RUEDA, O. P. (Fr.Juan de), Respuesta a las preguntas, fol. 83 (A. P. MSS. T. 301)
(3) ORFANEL, relación , 1919, fol. Ⅲv.
(4) ORFANEL, Historia, c.Ⅳ, fol. 111v.
(5) AVILA GIRON. 岩波(大航海時代叢書)第11巻。
(6) ORFANEL, Historia, c. Ⅵ.
(7) Ib., c. ⅩⅡ, al principio.
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